PMG7 Sénégal : caractérisation de souches d’agents biologiques d’intérêt

La région de l’Afrique de l’Ouest est endémique pour de nombreux agents biologiques d’intérêt, en particulier de type bactérien tels que le groupe Bacillus cereus, présent naturellement dans l’environnement et au potentiel pathogène élevé pour l’Homme et les animaux. Les aliments les plus fréquemment contaminés sont les végétaux comme le riz, les légumes, les pommes de terre et les épices.

Le Sénégal est un pays qui présente une situation épidémiologique caractérisée par la circulation endémique de plusieurs bactéries et virus d’importance pour la santé publique et la sécurité alimentaire. Ces agents pathogènes représentent un risque non seulement pour la santé humaine, mais aussi pour l’agriculture et les systèmes alimentaires. La compréhension de leur distribution, de leur évolution et de leur mode de transmission est essentielle pour anticiper les épidémies et renforcer les capacités de réponse locale. Le contexte écologique, climatique et social favorise également l’émergence ou la réémergence de certains agents infectieux dans cette région.

Le projet PMG7 Sénégal a pour objectif d’améliorer la connaissance mutuelle des agents biologiques et le développement de méthodes d’analyse et d’identification d’agents biologiques d’intérêt. Il s’agit de caractériser les agents biologiques, d’effectuer des analyses bio-informatiques et phylogénétiques, de développer des protocoles pour la détection et l’identification d’agents biologiques, d’échanger des matériels et ressources biologiques et de mettre en place des laboratoires confinés.

Au-delà de la production de données scientifiques, ce projet entend renforcer les partenariats entre institutions scientifiques sénégalaises et françaises, tout en favorisant le transfert de compétences et de technologies. Il contribue à la constitution de bases de données partagées, à la mise au point de kits de détection adaptés aux conditions locales, et à l’amélioration des pratiques de biosécurité. À travers la formation de personnels, l’organisation de missions conjointes et la publication de résultats communs, le projet vise à structurer durablement une réponse aux menaces biologiques.

Pour initier les travaux de ce projet, des vétérinaires dépendant du Laboratoire national de l’élevage et de recherche vétérinaire ont eu l'occasion de se rendre sur le terrain dans le but de récupérer des souches d’intérêt, en vue de leur caractérisation poussée.

Les capacités de ces vétérinaires seront à terme renforcées, notamment sur les protocoles de prélèvements environnementaux, sur la caractérisation moléculaire des souches et en bio-informatique. Ils seront en particulier formés à l’isolement des souches de Bacillus anthracis qui se poursuivra par leur analyse phénotypique.

Ces travaux permettent de mettre en évidence la diversité génétique et phénotypique des agents isolés, d’identifier des souches atypiques, et d’adapter les outils de diagnostic aux réalités locales.

Les agents pathogènes seront étudiés à l’aide de techniques avancées comme le séquençage de nouvelle génération, le typage MLVA, et les analyses spectrométriques.

En virologie, l’intérêt se portera en priorité sur les Poxvirus, mais aussi sur d’autres virus endémiques ayant un intérêt pour la biodéfense, tels que les arbovirus, les filovirus ou encore certains virus issus de chauves-souris, pour lesquels le Sénégal constitue un réservoir écologique naturel.